Jakub sa ako mestská časť Banskej Bystrice spomína už v 13. storočí. Pozemky na území dnešného Jakuba až do 16. storočia patrili tažiarskym podnikateľom, mimo iného aj Petrovi Karlovi, podľa ktorého je pomenovaná susedná mestská časť Karlovo, ale aj známej ťažiarskej spoločnosti Turzo-Fugger, ktorá v 16. storočí nemala konkurenciu v celom Uhorsku. V roku 1546 prevzala správu nad väčšinou územia banská komora a zvyšok patril mestu. Komora tu vybudovala medený hámor, drôtovňu a valcovňu, ktoré spracúvali predovšetkým surovinu zo Španej doliny. V Jakube boli aj dve píly a kameňolom na lomový vápenec, dokonca aj vápenka.
Počas druhej svetovej vojny Jakub obsadili nemecké vojská, v lokalite prebiehali početné boje, v priebehu ktorých bol zničený železničný most týčiaci sa nad členitou krajinou, ktorý bol neskôr znova postavený. Jakub bol spod nemeckého velenia oslobodený 4. apríla 1945.